Con il suo debutto al Teatro Real di Madrid nel maggio del 2018 con Die Soldaten di Bernd Alois Zimmermann, al quale aveva lavorato più volte in qualità di assistente prima al Festival di Salisburgo (2012), all´ Opera di Zurigo (2013) e in seguito al Teatro alla Scala di Milano (2015), Michael Zlabinger è passato alla storia come il più giovane direttore d’orchestra ad aver diretto tale opera. Questa pietra miliare della sua carriera ha proseguito una continua esplorazione dell'opera del XX secolo, che aveva già trovato espressione nel suo lavoro con Lady Macbeth del Distretto di Mcensk all’ Opera di Vienna (2015), Salome al Teatro Carlo Felice (2016) ed Elektra in occasione dell'inaugurazione del nuovo Teatro dell´ Opera di Atene (2017).
Recentemente ha diretto una produzione molto apprezzata di Die Liebe der Danae di Richard Strauss al Teatro Carlo Felice.
Nelle scorse stagioni, Michael Zlabinger ha diretto The Lighthouse di Peter Maxwell Davies al Nationaltheater Mannheim e ha lavorato all’Holland Festival con il Klangforum Wien, con la Staatskapelle Weimar, con la Odense Symfoniorkester e al Festival international d’art lyrique d’Aix-en-Provence. Dopo una produzione da The Lighthouse alla Kammeroper Wien che ha fatto con i suoi fratelli Georg Zlabinger (regia) e Martin Zlabinger (scenografia), ha debuttato nel gennaio 2022 inoltre al Theater an der Wien con la Tosca di Giacomo Puccini.
A partire da maggio 2022, Michael Zlabinger è direttore musicale della festival:philharmonie westfalen.